O Ministério Público do Estado do Amazonas é um órgão independente, que não está vinculado a nenhum dos Poderes (Executivo, Legislativo e Judiciário). De acordo com a Constituição da República, é uma instituição permanente que possui autonomia e independência funcional.
A permanência quer dizer que ele não pode ser extinto. A autonomia administrativa, orçamentária e funcional o permite ser o único responsável pela gestão de seus recursos financeiros e pessoais.
Sua independência é uma característica importante para que ele exerça a função fiscalizadora do poder. Caso o MP fosse subordinado a qualquer um dos poderes, sua atuação seria questionável e parcial. A propósito, ele não pode ter suas atribuições repassadas a outra instituição.
Os procuradores e promotores do órgão estão subordinados a um chefe somente no âmbito administrativo. Cada um deles é livre para seguir suas convicções dentro da lei.